Pusztaszabolcs területe több ezer éves múltra tekint vissza. A régészeti ásatásokkal felszínre került bronzkori, kelta, illetve római kori tárgyi emlékek mind arról tanúskodnak, hogy a lakosságot a jó minőségű, öntözhető föld vonzotta a településre.
A bronzkor embere i.e. 1900-1200 között népesítette be a Mezőföld lakhatásra alkalmas, lösszel fedett részeit. Erről tanúskodnak a Felsőcikola környéki halastavak mentén feltárt régészeti emlékek is. Legfontosabb a „Sziget” nevű részen megfigyelt urnatemető, gazdag mellékletekkel, használati tárgyakkal, edényekkel, díszített bronz viseleti tárgyakkal, bronz tőrrel. Ugyanitt a Komló-domb és a Taligás-domb római koracsászárkori település helye. Pusztaszabolcsról való egy római főtiszt által készített síremlék kőfelirata. A síremléket a batavusok földjéről, alsógermániai Novimagusból (ma hollandiai Nijmegen) származó feleségének állította.
A kelták jelenlétére utalnak a cikolai dombokon, legelőkön feltárt művészien megformázott cserépedények, korsók, valamint az i.u. II. századból származó halomsírok.
A számtalan – ma múzeumi kiállítások tárgyát képező – régészeti lelet egyértelmű bizonyíték arra, hogy az itt élők fejlett kézművességet folytattak.
Pusztaszabolcs római kori emlékekben is meglehetősen gazdag. A lelőhelyek nagyjából megegyeznek a korábbi idők lakóterületeivel. A feltárt leletek között szintén megtaláljuk a fejlett kézművességre utaló használati tárgyakat, továbbá Antonius Pius császár bronzpénzét, illetőleg gladiátor jeleneteket mintázó díszített tálakat és téglatöredékeket, márványdarabokat is. Ezek a leletek már nem csupán a térség gazdasági-gazdálkodói szerepét, hanem annak kulturális jelentőségét is hangsúlyozzák.
Pusztaszabolcs és környéke a népvándorlás és a Honfoglalás időszakában sem néptelenedett el. A magyarok a már korábban letelepedett avarokkal és belső-ázsiai népekkel keveredve hoztak létre itt szálláshelyet. Az Árpád-kori letelepülésre több X-XI. századi régészeti emlék, továbbá a település neve utal. Pusztaszabolcs feltehetőleg a Szabolcs elnevezésű, Árpád nemzettséggel rokon, Előd-Szabolcs-Csák nemzetségből ered. A Puszta előtag sokkal később egy helyiségnév-rendezés során került a település nevébe. A település nevével először 1302-ben találkozunk írott dokumentumban: „a székesfehérvári káptalan és a dudari Csák testvérek megosztoztak „Zabvos” falun „(Zabvos = Szabolcs / Györffy György 1971-es tanulmánya alapján).

A mezőgazdaságra épülő gazdasági szerkezet miatt a korai feudalizmusban Pusztaszabolcs jelentős „értéket” képviselt.
A környék a XIV. század végéig királyi birtok volt, ezt követően fejlődése megtorpant. A birtokosok gyakorta váltották egymást, majd török fennhatóság alá került a terület. Feltehetően ekkor semmisült meg a korábbi középkori település. (Az anyagi javakat és az embereket a terjeszkedés szolgálatába állították, melynek következményeként a térség elnéptelenedett.)
A törökök fokozatos visszaszorításával Pusztaszabolcs környéke – a jó minőségű földnek köszönhetően – hamar újranépesült. A XVII. században Szabolcson 80 házban szerb parasztok laktak, akik a török szultánnak és az osztrák császárnak is adóztak.
A XVIII. század végére a földek a Zichy család birtokába kerültek. Az itt élő uradalmi cselédek száma 1830-ban 538 fő volt. A község területén földművelést, állattenyésztést egyaránt folytattak, eleinte a gabona- és takarmánynövények termesztése dominált, majd később a kukorica, rozs és a burgonya került előtérbe, miközben a település szarvasmarha- és lótenyésztése is híressé vált.
A gazdasági fellendülésnek köszönhetően a Kiegyezés időszakában megindult a községgé szerveződés. Az akkoriban kialakult laza szerkezetű település évtizedeken keresztül tartotta mezőgazdasági jellegét, de ez nem zárta ki az ipari vívmányok megtelepedését sem. Egy 1870-es vasútfejlesztési terv célja lett, hogy Pusztaszabolcs vasúti központként funkcionáljon. Az 1870-es „Közigazgatási Törvény” 42. cikkének végrehajtásaként Fejér Vármegye Törvényhatósági Bizottsága 1875-ben „községesített puszták”-ként létrehozta Szabolcs elnevezésű községet. Törvény nevezte el a települést 1898-ban Pusztaszabolcsnak. 1881-ben készült el a község bel és külterületének első térképe. A területet Koffon Ignácz mérnök mérte fel, a szerkesztést Weisz Ferenc díjnok vállalta. Az első térkép borítójának a következő a szövege: „Szabolcs nagyközség Csongrád, Alsó- és Felső-Czikola pusztákkal együtt Fejér megyében 1881.”
1896-ban megváltoztak a birtokviszonyok. A szabolcspusztai területek a bécsi báró Springer-család birtokába kerültek, Felső-cikola birtoktesteit pedig Hirsch-Halász Alfréd budapesti ügyvéd vásárolta meg.